Program Studi (Prodi) Profesi Dokter Fakultas Kedokteran Universitas Muslim Indonesia merupakan tahap kedua dari Program Studi Pendidikan Dokter (PSPD) setelah dari prodi sarjana kedokteran. Prodi Profesi Dokter telah terakreditasi secara nasional oleh Lembaga Akreditasi Mandiri Perguruan Tinggi Kesehatan (LAM-PTKes) sejak tahun 2018. Prodi profesi ditempuh selama 1 tahun 11 bulan atau selama hampir 4 semester dengan total keseluruhan SKS yaitu 52 SKS.
Program studi profesi dokter membawahi unit kerja yang disebut dengan Clinical education unit (CEU) .
Tugas dan tanggung jawab CEU dalam melaksanakan proses perencanaan, pelaksanaan, evaluasi hasil belajar dan evaluasi program, serta pengembangan kurikulum di program studi profesi dokter Fakultas kedokteran UMI.
Struktur organisasi CEU terdiri atas Ketua CEU, Sekretaris CEU, seksi rotasi kepaniteraan klinik, seksi pembelajaran kepaniteraan klinik , seksi ilmiah dan pengabdian kepasa masyarakat (PkM), seksi assesment kepaniteraan klinik , seksi penguatan layanan primer, seksi persiapan UKMPPD, Seksi UKMPPD.